Etter omorganiseringen av sykehusene på begynnelsen av 2000-tallet satte Helse- og omsorgsdepartementet i gang med å utvikle et rapporteringssystem for å måle ressursinnsatsen til forskning i sektoren. De regionale helseforetakenes strategigruppe for forskning var, og er fortsatt, styringsgruppe for rapporteringssystemet, og målet var å etablere et enkelt, transparent, felles rapporteringssystem for å måle ressursbruk til forskning i samtlige helseforetak som hadde forskningsaktivitet, forskningsressurser og forskningsbudsjett. Et rammeverk for rapportering ble utarbeidet og utprøvd på fire pilotsykehus i 2005 (2004-tall), og året etter ble en landsdekkende pilotundersøkelse gjennomført. I oktober 2005 besluttet styringsgruppen at det definerte rammeverket skulle implementeres med pliktig rapportering av ressursbruk til forskning.
Fra 2007 ble rapporteringssystemet lagt til NIFU STEP. Den første regulære rapporteringen (2006-tall) var begrenset til forskning, men fra og med 2007 omfatter den også utviklingsarbeid, slik at forskning og utviklingsarbeid (FoU) dekkes fullt ut. I tråd med prosjektplanen er rapporteringen dermed integrert i den regulære FoU-statistikken, i tillegg til at resultater av de årlige målingene av forskningsressurser rapporteres til helseforetakene og departementet. Det metodiske rammeverket er forankret i helseforetakene, og er stadig under utvikling i samarbeid med blant annet helseforetakene selv.